Theo Điều 2, Quyết định số 4518/QĐ-BYT ngày 16/7/2018 của Bộ trưởng Bộ Y tế, Cục Quản lý Khám, chữa bệnh có một số nhiệm vụ, quyền hạn chính sau:

• Chủ trì hoặc phối hợp xây dựng, sửa đổi, bổ sung luật, pháp lệnh và các văn bản quy phạm pháp luật, các quy định chuyên môn, các tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, quy định phân tuyến kỹ thuật, quy chế chuyên môn, điều kiện hành nghề, các định mức kinh tế - kỹ thuật về các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Cục, trình các cấp có thẩm quyền ban hành.
• Đầu mối tổ chức hội đồng chuyên môn để xác định sai sót chuyên môn kỹ thuật trong khám bệnh, chữa bệnh; chỉ đạo, hướng dẫn triển khai các giải pháp nhằm bảo đảm an toàn người bệnh và phòng ngừa sự cố y khoa, sự cố ngoài y khoa trong cơ sở khám bệnh, chữa bệnh.
• Chủ trì, xây dựng hướng dẫn chẩn đoán và điều trị các bệnh lây nhiễm và không lây nhiễm, chỉ đạo, tổ chức thực hiện và kiểm tra, giám sát các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh trong việc thực hiện. Đầu mối chỉ đạo việc tổ chức phát hiện sớm và tham gia truyền thông, tư vấn về phòng, chống bệnh lây nhiễm và không lây nhiễm trong các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh.
• Chủ trì hướng dẫn, tổ chức triển khai thực hiện Luật Phòng chống, tác hại thuốc lá và các hoạt động phòng, chống tác hại thuốc lá.
• Quản lý hành nghề khám bệnh, chữa bệnh và các hoạt động khám, chữa bệnh tại bệnh viện.
• Làm đầu mối chỉ đạo các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thực hiện: công tác bảo vệ, chăm sóc sức khỏe cán bộ trung, cao cấp; khám chữa bệnh cho người cao tuổi; công tác y tế phục vụ cho các hội nghị, sự kiện quan trọng của Nhà nước. Chỉ đạo tổ chức ứng cứu, tiếp nhận và điều trị nạn nhân trong các vụ dịch bệnh, thiên tai, thảm họa, tai nạn giao thông, bạo lực giới.
• Đầu mối chỉ đạo và giám sát việc thực hiện công tác giảm quá tải bệnh viện; xây dựng và phát triển mạng lưới bệnh viện vệ tinh và mạng lưới chỉ đạo tuyến; tổ chức thực hiện hoạt động chuyển giao kỹ thuật công nghệ, chỉ đạo chuyên môn tuyến dưới về lĩnh vực khám bệnh, chữa bệnh và chế độ luân phiên có thời hạn đối với người hành nghề khám bệnh, chữa bệnh.
• Một số nhiệm vụ, quyền hạn khác.